Zdecydowana większość postępowań kontrolnych ordynacji lekarskiej przeprowadzonych przez wojewódzkie oddziały NFZ wykazała nieprawidłowości w wystawianiu recept i w dokumentacji medycznej. Jedynie w 49 przypadkach (spośród 189 postępowań) nie zostały stwierdzone nieprawidłowości. W pozostałych wykazano błędy w oznaczaniu poziomu odpłatności na receptach, brak oznaczania poziomu odpłatności na recepcie (skutkiem w tym przypadku było zrealizowanie recepty ze zniżką, mimo braku podstaw do refundacji), ordynację leków refundowanych w sposób nieadekwatny do wskazań refundacyjnych, a także wystawianie recept na leki podlegające refundacji w ilościach, które przekraczają 3-miesięczne stosowanie.
W przypadku prowadzenia dokumentacji medycznej, wykryte nieprawidłowości polegały m.in. na braku wpisów dotyczących porady ambulatoryjnej, wywiadu lekarskiego, wyników badań diagnostycznych, zaordynowanych leków oraz wystawionych recept, braku diagnozy, rozpoznania choroby, problemu zdrowotnego, urazu, których lek dotyczy - brak potwierdzenia zasadności ordynacji leków, braku adnotacji o ilości przepisanych leków, sposobie dawkowania. Ponadto, odnotowano także braki formalne w dokumentacji medycznej (np. brak numeracji stron oraz danych identyfikujących pacjenta, brak autoryzacji poprawek, brak oznaczenia podmiotu leczniczego, daty porady itp.) oraz niezgodność danych na receptach z dokumentacją medyczną. Wśród uchybień wskazano też brak dokumentacji medycznej, a także wystawienie recept na drukach posiadających numery przyznane innym lekarzom.